Pengadilan Agama Sijunjung berdiri sejak tanggal 6 Juni 1959, sejalan dengan dikeluarkannya Peraturan Pemerintah Nomor 45 tahun 1957 tentang Pembentukan Peradilan Agama di Luar Jawa dan Madura yang sebelumnya dikenal dengan nama Mahkamah Syari'ah. Mahkamah Syari'ah telah ada berdasarkan Stb.1882 No.152 jo. Stb.1937 No.116 dan 610 yang mengatur tentang Peradilan Agama di Jawa dan Madura. Sementara untuk daerah Kalimantan diatur dengan S.1937 No.638 dan 639. Untuk daerah luar Jawa dan Madura berdasarkan beberapa peraturan yang berbeda-beda dan tersendiri, baik berdasarkan pada peraturan kekuasaan militer belanda dahulu, peraturan-peraturan presiden, Undang-undang biaya, Keputusan Wali Negara Sumatera Timur serta Peraturan Swapraja dan Adat.

Ketika pengadilan-pengadilan Swapraja dan adat dihapuskan, kedudukan dan kelangsungan Peradilan Agama diragukan secara hukum. Oleh karena tidak adanya kepastian hukum tersebut, pemerintah merasa perlu untuk mengadakan Peraturan Pemerintah yang mengatur Pembentukan Pengadilan Agama untuk luar Jawa dan Madura (termasuk Sijunjung). Hal ini kemudian direalisasikan dengan keluarnya PP No.45 tahun 1957 tentang pembentukan Pengadilan Agama /Mahkamah Syari'ah di Luar Jawa dan Madura, Kemudian diatur lebih lanjut dalam Penetapan Menteri Agama No. 58 tahun 1957 tentang pembentukan Pengadilan Agama/Mahkamah Syari'ah di Sumatera.

Dalam Penetapan Menteri Agama No.58 tahun 1957 tersebut diperintahkan pembentukan Pengadilan Agama untuk Wilayah Sumatera Barat, termasuk di dalamnya Pengadilan Agama Sijunjung, Sesuai dengan SK Hari Jadi Pengadilan Agama Sijunjung, Disamping itu dalam penetapan Menteri Agama tersebut dinyatakan secara tegas bahwa wilayah hukum dari Pengadilan Agama adalah sama dengan wilayah hukum Pengadilan Negeri.

Sampai saat ini tidak ditemukan data-data yang akurat mengenai sejarah awal pembentukan dan berdirinya Pengadilan Agama Sijunjung, akan tetapi menurut beberapa karyawan senior, awalnya Pengadilan Agama Sijunjung terletak di dekat Pasar Sijunjung dan kantornya hanya merupakan sebuah rumah sederhana dari kayu milik masyarakat sekitar yang dikontrak. Pada sekitar tahun 1978 Departemen Agama membangun sebuah kantor untuk Pengadilan Agama Sijunjung yang terletak di Jalan Prof. Moh. Yamin SH No.65 Muaro Sijunjung yang ditempati dan digunakan pada sekitar tahun 1980. Setelah keluarnya Undang-undang Nomor 4 tahun 2004 tentang Kekuasaan Kehakiman dimana secara organisasi, administrasi dan finansial Peradilan Agama berada di bawah Mahkamah Agung dan semua asset yang dimiliki oleh Pengadilan Agama diserah terimakan sepenuhnya dari Departemen Agama ke Mahkamah Agung, maka organisasi, administrasi dan finansial Pengadilan Agama Sijunjung pun secara otomatis berada di bawah Mahkamah agung. Pada tahun 2006 gedung baru Pengadilan Agama Sijunjung mulai dibangun dengan DIPA tahun anggaran 2006 dan 2007 yang selesai pada tahun dan ditempati pada 2007 sampai sekarang. Berikut ini adalah nama-nama Ketua yang pernah memimpin di Pengadilan Agama Sijunjung :

1. Zainuddin Yahya ( 1959 s/d 1961)
2. H. Abdul Jalil Malin Mudo (1961 s/d 1967)
3. Dt. Maleka (1967 s/d 1972)
4. Damrah Saleh Dt. Nan Basa (1972 s/d 1973)
5. M. Sidiq Angku Kuniang (1973 s/d 1978)
6. Drs. Khairul Rizal Mustafa (1978 s/d 1981)
7. Drs. Ibrahim Fuadi (1987 s/d 1998)
8. Drs. M. Taufiq, HZ (1999 s/d 2001)
9. Drs. Khairudin, SH (02-Mei-2001 s/d 01-Juli-2006 )
10. Drs. Idris Ismail, MHI (19-Juli-2006 s/d 30-Juni-2006)
11. Drs. Zulkarnaini. S ( 14-Mei-2007 s/d 01-Juli-2010 )
12. Dra. Hj. Milfaneti, MHI (01-Jul-2010 s/d 03-Agus-2010 )
13. Drs. Ediwarman, SH, MHI (03-Agus-2010 s/d 03 Sept 2012 )
14. Dra. Hj. Milfaneti, MHI (03-Sept-2012 s/d 20-09-2012 )
15. Drs. Jamhur, SH, MHI (25-09-2012 s/d 2016)
16. Drs. H. Mahyuda, M.A (2016 s/d Februari 2018)
17. A.Havizh Martius, S.Ag., S.H., M.H. (Februari 2018 s/d Agustus 2020)
18. Armen Ghani, S.Ag, M.A (Agustus 2020 s/d Juli 2021)
19. Azizah Ali, S.H.I, M.H (Juli 2021 s/d Juni 2024)
20. Haris Luthfi (Juli 2024 s/d sekarang)